A NAV tájékoztatása szerint, a helyszíni vizsgálatok során próbavásárlással ellenőrzik a bevétel rögzítését, valamint azt, hogy kapnak-e nyugtát, számlát a vásárláskor. Helyszíni leltározással vizsgálják, hogy a vállalkozás az eladott áruk beszerzését tudja-e bizonylattal igazolni. Ellenőrzik, hogy szabályszerűen használják-e a pénztárgépeket, szerepelnek-e ezen bevételek a vállalkozás bevallásában, betekinthetnek a számítógépes nyilvántartásokba is.  Ellenőrzik a foglalkoztatás szabályszerűségét, felderítik a fekete foglalkoztatást, valamint vizsgálják a közérdekű bejelentéseket.
Az adóregisztrációs eljárás keretében a társaság székhelyén ellenőrzik a vállalkozás működését, megvizsgálják, rendelkezik-e a szükséges nyilvántartásokkal, azokat helyesen vezeti-e. Hiányosság esetén mulasztási bírságot, súlyosabb mulasztások esetén üzletbezárást alkalmaznak.
Az utóbbi években a helyszíni vizsgálatok már olyan adatgyűjtéseket is tartalmaznak, amelyek megalapozzák, előkészítik a helyszínen ellenőrzött adózók átfogó, utólagos vizsgálatait.
Az új típusú adatgyűjtések kiterjednek a székhely, telephely, termelő berendezések, a termék előállítás és értékesítés körülményeire, ezek nyilvántartásának helyszíni ellenőrzésére is, megállapítják az alkalmazott árakat, árréseket a becslési eljárás lefolytatásához. Az adatgyűjtések irányát, tartalmát ilyenkor az utólagos vizsgálatot végző adóellenőrök határozzák meg, ezért ezek az adatok beépülnek az átfogó vizsgálatok előkészítő anyagaiba, meghatározzák az adóellenőrzések vizsgálati irányait.
Az operatív és az utólagos ellenőrzési szakterület összehangolt munkájának eredményeként azok az átfogó ellenőrzések, melyeknél a helyszíni vizsgálatok adatai is megalapozták a tényállást, az utóbbi években gyakran tártak fel több millió forintos bevétel eltitkolást, így a módszert még szélesebb körben alkalmazzák a jövőben.

A fenti helyszíni vizsgálatok a folyamatos jelenlét biztosításával közvetlenül hozzájárulnak ahhoz, hogy az adózókat jogkövető magatartásra ösztönözzék.